96年杜琪峰和韦家辉、游乃海三人合开银河映像电影公司。自此，虽然还是保持着每年平均两三部电影的“高产”水平，但他的一些作品开始体现出他特有的现实、暗黑、压抑的杜式电影风格。他的作品也多以警匪片和帮会题材为主，但和吴宇森的理想主义不同，杜琪峰眼中的江湖不是英雄无敌、儿女情长的浪漫主义成年童话。对从小就生活在九城城寨、亲身经历过底层香港社会复杂环境的杜琪峰来说，他所刻画出的江湖人物，无论是黑道大哥、还是小喽啰，在阴暗、压抑的环境下，都带着强烈的宿命感和无常感，人物性格也更现实和贴近不那么完美的真实人性本身。
从96年到11他进军内地电影市场之前的这个阶段，杜琪峰依然一直延续着自己的“高产”风格，15年间共计执导电影30余部，其中有《孤男寡女》、《瘦身男女》、《向左走向左走》这样的情感故事片，也有《百年好合》、《钟无艳》、《呖咕呖咕新年财》之类的喜剧片，但艺术成就较高的，还是下面几部带有鲜明杜式风格的江湖题材作品。
任达华、黄秋生、吴镇宇、黄秋生主演
99年：《枪火》
故事很简单，一个黑道老大差点被人暗杀，他让副手（任达华饰）找了五个枪手来保护自己，枪手中两人是亲兄弟，还有一人为黄秋生饰演的鬼见愁。枪手们保护老大躲过了数次暗杀行动，并查明了幕后主谋是和老大一起年轻时出生入死的兄弟。枪手们搞定了想暗杀老大的幕后主使，但因为枪手中兄弟两人中的弟弟在保护老大的过程中，与大嫂偷情，被老大命令鬼见愁将其杀掉。一边是老大的命令加江湖规矩，一边是同道加兄弟情谊。五人坐在餐桌前，依然有说有笑，但面对绝境，每个人毕竟会如何选择……
在这部影片中，杜琪峰略带压抑、写实的电影风格开始得到呈观。影片中的人物不再是天下无敌的英雄，角色因为更贴近现实而变得有血有肉，而且吴镇宇在这部作品中演技炸裂，凌厉的眼神加肢体动作令观众们印象深刻。从综合角度讲，作品并不算是传统意义上的经典电影，作品并没有那些经典电影的深刻寓意与厚重感，也没有社会性、哲学性、美学性等这些传统意义上考量电影是否优秀的典型元素。但却带着杜琪峰独有的色彩与风格，在注重和重点拍摄枪战过程的同时，作品从一个香港电影之前从未有过的角度描绘出了江湖的含义和江湖中人的生存状态，而杜琪峰的这种风格，显然具有更强的写实性和穿透力。这部作品获得了2000年金马、金像两项最佳导演大奖，而更为神奇的是，这部作品的成本仅为250万港币，拍摄时间仅用了19天。
刘德华、刘青云主演
99年：《暗战》，个人觉得，这是杜琪电影峰作品中的N1。
刘青云饰演的警方谈判专家何尚生去和一项财务公司打劫案的动匪华（刘德华饰演）谈判想劝其自首，却陷入一场由劫匪华主导的72小时的追逃游戏中，他在追捕华的过程中屡屡被华算计。最终真相大白，原来劫匪华身患绝症，生命只剩下四周的时间，而他之所以从财务公司偷出那颗宝石，并布这个72小时追逃游戏的局，真实目地是为了报复他所打劫财务公司的老总陈某。当年陈某曾为了一颗价值连城的宝石，出卖并杀害华的父亲。在追逃游戏过程中，华为躲避警察，在公交车上与素不相识的女孩梁婉婷假扮情侣躲过追捕，梁婉婷却在两人相拥的瞬间爱上华，在短暂的一次约会中，两人在餐桌前对视，华面对梁婉婷的深情凝视，只能告诉她，自己没有时间了，然后一口老血吐在杯子里，飘然而去。最终，华设局成功为父报仇将杀父仇人陈送给监狱，并将从财务公司陈购买宝石的两千万捐献给某癌症基金。三年后，谈判专家何尚生在公交车上偶遇女孩梁婉婷，发现他的项上戴着那颗华送给她的，价值连城的宝石，而她自己并不知道。
影片获得了19届金像奖最佳男主。这部影片的社会性、哲学性都不算突出，但却在美学性上达到了一种高度。影片从头至尾，营造出了一种感人至深、直击人心的“凄美”氛围。帅气逼人的华仔，与女主浪漫的公车邂逅，男主不久于人世的提前设定，故事在感人至深的同时，也让观众回味无穷。
任达华、梁家辉、古天乐、张家辉主演
2005年：《黑社会》
有很多观众说，这部作品，就是华语版的《教父》。影片主要讲述了黑帮领导层换界选举，任达华和梁家辉饰演的两大帮会势力，为权力而不择手段，勾心斗角的故事。影片获得了25届金像奖的最佳影片和最佳导演。平心而论，作虽然保持了一贯的杜式风格，冷静的笔调把一场黑社会的选举展现在观众面前。情节方面也做到了悬念迭出，从头至尾牢牢吸引着观众的眼球，但从整体来看，作品却显得虎头蛇尾，影片在过程中本来呈现出了足够多的故事线和人物关系，但很多人物情节没有具体的交待清楚，影片便草草收场。这也是杜琪峰的作品的通病，拍片高，时间效率高，而无法做到“慢工出细活”，导致作品制作不够细致和精良。
吴镇宇、黄秋生、任贤齐、任达华主演
2006年：《放逐》
作品承接了99年影片《枪火》的故事线，影片的整体氛围也有前作相似，讲述了前作中四兄弟私自放走的兄弟再次回到香港又被老大下令杀掉，所引发的江湖规矩与兄弟情义冲突，四位主演在两难间如何选择和取舍的江湖故事。影片中，杜琪峰依然延续了自己犀利冷峻的风格，四兄弟只拨枪不说话，细节间表现事故进程和人物内心的情节和画面也依然帅得让人心动。只是这次，在杜式美学的几场枪战之后，他们是以悲剧收场。
每位导演的作品风格都与他从小生长的环境和所接受的教育息息相关，九龙城寨的童年生活和从打杂开始的从艺经历使得杜琪峰的作品细节处真实感动人却整体厚重感不足。但这个时期杜琪峰的作品，却也算是其最具代表性的一段时间，因为他写实、暗黑的作品风格，观众们将他称之为香港电影的暗黑教父。
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